Применяют, к примеру, специальные программы для отслеживания движений глаз клиента. Честно говоря, вообще слабо представляю, как такое возможно. Делают это для того, чтобы на самые популярные зоны в дальнейшем поместить актуальную информацию. Вот так.... Поэтому вопрос открыт.
Эта технология называется eye tracking. Её используют компании, специализирующиеся на анализе юзабилити вебстраниц, а также любой визуальной информации (изначально технология была разработана для анализа визуальной рекламы, но не видео). Используется не только софт, но и специальное оборудование, позволяющее отслеживать движение зрачков испытуемого. Проводится в лабораторных условиях. Стоит недешево. Но обычный человек может использовать также весьма эффективную технологию - вебвизор яндекса (в сочетании с различными картами - тепловыми и др. В яндекс.метрике всё это есть. В аналитике гугле тоже неплохие возможности). Но для анализа юзабилити, а если более конкретно UI/UX-дизайна сайта, требуется понимание психологии взаимодействия пользователя с тем, что он видит. На этой основе уже идет сплит-тестирование (классически - A/B-тестирование).

А вообще аудит - вещь очень серьезная и комплексная. В зависимости от целей используются различные подходы и широкий инструментарий. Это - Её Величество Аналитика. Хотя я и знаю (а в целом понимаю) что к чему и зачем в этом, но не могу назвать себя специалистом, поскольку у меня еще не хватает целого ряда навыков. Пока позволяю себе только посмотреть сайт по определенным параметрам и выразить, так сказать, свое ИМХО )))) Так что, "выставить" в резюме или на сайте "Сделаю вам аудит сайта" ...

Это подразумевает, что действительно умеешь его делать. Требуется профессионализм.
P.S. Но вообще и без "специальных технологий" есть масса не такой сложной литературы и рекомендаций, которые описывают, как размещать определенные элементы на странице и как структурировать сайт, чтобы вести пользователя к намеченной цели, а также, чтобы сайт удовлетворял требованиям SEO. Но это так - по-босяцски )))