Я предпочитаю программу Advego Plagiatus. Разница может быть в настройках. Если вы проверяете со шинглом-4, фрозой-5, а заказчик с шинглом-4, фрозой-4, то уникальность будет разной. В основном требуют 4/4, в стандарте изначально стоит 4/5. Поменяйте настройки и результат будет более точным, сложно будет придраться.