Сегодня, в добавление к сервисам SEO-аналитики Яндекс и Google, наиболее мощный инструментарий предложен компанией MegaIndex (к ней не имею никакого отношения, поэтому - не реклама).
Основной сайт - http://www.megaindex.ru/
Посмотрите в футере. Там даны их сопряженные ресурсы. Очень мощные и дельные ребята.
А так, вот далеко неполный списочек

SEO-софт и сервисы:
PageWeight http://www.page-weight.ru/
Advego http://advego.ru/text/seo/
CS Yazzle http://www.yazzle.ru/
S SapeMaster http://sapemaster.ru/
eTXT Антиплагиат http://www.etxt.ru/antiplagiat/
Site Auditor http://www.site-auditor.ru
Чек-лист http://www.seochecklist.ru/
Анализ сайтов http://a.megaindex.ru
Скорость загрузки http://mainspy.ru/skorost_zagruzki_sajta
Xenu Links http://home.snafu.de/tilman/xenulink.html
Key Collector http://key-collector.ru
SPYwords http://spywords.ru
Плагин Wink https://addons.mozilla.org/ru/firefox/addon/8680/
SeoGenerator http://www.seogenerator.ru/ (генератор анкоров, текстов и названий)
Seohint http://seohint.ru/
Rush Analytics http://www.rush-analytics.ru/ (сервис автоматизации SEO-процессов. Можно автоматически группировать (кластеризовать) запросы).
Проверка на дубли:
• Xenu http://home.snafu.de/tilman/xenulink.html
• Netpeak Spider http://netpeak.ua/soft/netpeak-spider/
• Screaming Frog SEO Spider http://www.screamingfrog.co.uk/seo-spider/
• A1 Website Analyzer http://www.microsystools.com/products/website-analyzer/
•
Обнаружение и устранение битых ссылок:
PageWeigh
Xenu
Проверка сайта на валидацию
http://validator.w3.org